Zadnja skrivnost da Vincija: čigar ostanki v resnici ležijo pod štedilnikom z njegovim imenom
Vendar so v 16. stoletju v Franciji izbruhnile hugenotske vojne, ki so privedle do uničenja cerkve. Revni so naselili sarkofage aristokratov, raztrgali pokrov krste in pospravili ostanke. Podobna usoda ni minila in da Vinci. In šele leta 1863 so se na mestu nekdanje cerkve začela izkopavanja. Njihov cilj je bil najti ostanke uglednega umetnika in se pokopati. Vendar je bilo kosti veliko in vse so bile pomešane, zato jih je bilo treba med njimi dobesedno prepoznati z uporabo zunanjega opisa umetnika. Takšna je na primer visoko čelo, velika rast, precej velika lobanja.
Desetletje pozneje so domnevne posmrtne ostanke Leonarda prepeljali v kapelo Saint-Hubert, kjer se še danes nahajajo. To je samo to, da zagotovo povem, da so to ostanki da Vincija, z natančnostjo pa jih nihče ne more.